关于员工迟到扣工资的问题，需要遵守公司规定并符合法律限制。《劳动法》规定，用人单位的规章制度需依法建立，扣工资的标准也不能超过法定限度，否则无效。如果扣工资的比例超过了员工当月工资的20%，则可能侵犯员工的合法权益，可以向劳动局投诉。
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员工迟到的处理需依法进行，公司通常会按照章程扣除相应工资或者进行警告提醒。公司在处理此类问题时，应确保不违反《劳动法》的规定，既要保障员工的合法权益，也要维护公司的正常运营秩序。