专利异议与商业秘密的区别在于公开性与保密性。专利异议针对的是已公告的专利申请，允许公众提出异议，依据《专利法》进行审查。而商业秘密则涉及企业未公开的技术或经营信息，若泄露可能导致严重经济损失和竞争优势丧失。
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处理专利异议通常包括提出异议、答辩等步骤，依据《专利法》规定进行。商业秘密保护则主要通过内部管理、保密协议等方式实现，必要时可依法追究泄密责任。选择处理方式时需根据具体情况权衡利弊。
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专利异议公开进行，涉及专利申请的有效性；商业秘密则强调保密，保护企业核心信息。专利异议需遵循法定程序，如提交异议书、答辩等；商业秘密保护则需采取合理措施，如签订保密协议、加强内部管控等。