脑干出血48小时后死亡不算工伤。根据《工伤保险条例》，工伤需满足在工作时间和工作岗位突发疾病48小时内死亡。超过48小时，不符合工伤认定条件，无法享受工伤保险待遇。严重情况下，家属可能面临经济负担和无赔偿的困境。
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不算工伤。具体操作：1. 确认是否在工作时间和工作岗位突发疾病；2. 若在48小时内死亡，可申请工伤认定；3. 若超过48小时，咨询律师了解其他救济途径；4. 准备相关证据材料，如医疗记录、工作证明等；5. 根据律师建议，采取合适措施维护自身权益。
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处理此问题常见方式为申请工伤认定或咨询律师。若情况符合工伤条件，则申请工伤认定；若不符合或存在争议，建议咨询专业律师，通过法律途径维护权益。