工程施工合同延期付款，违约金依据合同约定或法律规定计算。根据《合同法》，有约定按约定，无约定则按法定。未及时支付可能导致合同违约，影响工程进度及信誉。
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延期付款违约金处理：1.查阅合同，明确违约金条款；2.与对方协商，争取达成一致；3.若协商无果，准备证据，提起诉讼或仲裁；4.法院或仲裁机构将依据《合同法》等裁决。
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处理工程施工合同延期付款违约金，常见方式有协商、诉讼或仲裁。首先尝试与对方协商，协商不成再选择诉讼或根据合同约定的仲裁条款申请仲裁。